Przez kilka wieków Teren Prądnika Czerwonego należał administracyjnie do parafii św. Mikołaja, z siedzibą na Wesołej (dziś. ul. Kopernika w Krakowie).
W początkach XVII w. – ze względu na sporą odległość do kościoła parafialnego – Prądniczanie zaczynają wypełniać praktyki religijne w pierwszej dominikańskiej kaplicy św. Jana Chrzciciela (przy dziś. ul. Dobrego Pasterza).
Parafia Pana Jezusa Dobrego Pasterza na Prądniku Czerwonym w Krakowie
1922 r. – książę bp Adam Stefan Sapieha kieruje na Prądnik, w celu organizowania filii parafii św. Mikołaja – JÓZEFA MAZURKA.
Ten powołuje tu Komitet Budowy Kościoła i nabywa od Dominikanów działkę budowlaną. Za czasów J. Mazurka:
- 1923 – wybudowano pierwszy drewniany kościół (wg projektu inż. Artura Romanowskiego), który został poświęcony w tym samym roku przez ks. abp Adama Stefana Sapiehę.
- 1924 – powstała ekspozytura parafii św. Mikołaja, która stała się zalążkiem parafii Pana Jezusa Dobrego Pasterza.
- Wyprawiono wnętrze kościoła tynkami wapiennymi, wykonano polichromię.
- Sprowadzono ołtarz i ławki z kaplicy na Woli Justowskiej, oraz organy z kościoła sióstr Wizytek.
- Wyposażono kościół w potrzebne paramenty liturgiczne.
- Wybudowano obok kościoła plebanię.
- Umieszczono w ołtarzu głównym wizerunek patrona parafii – Dobrego Pasterza, pędzla parafianina Jana Grabczaka.
- Doprowadzono do kościoła i plebanii prąd elektryczny.
- Założono przy parafii ochronkę dla małych dzieci.
- Erygowano Bractwo Różańca Wiecznego.
- Zorganizowano Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży.
- Na Prądnik Czerwony sprowadziły się pierwsze ss. Albertynki, organizując tu klasztor.
- Jan Sas-Zubrzycki wykonał projekt kolejnego na Prądniku kościoła murowanego, który jednak nie został zrealizowany.
- 1929 – wobec braku poparcia parafian dla budowania kolejnego kościoła – w miejsce dotychczasowego drewnianego – proboszcz ks. J. Mazurek, odchodzi na własną prośbę z Prądnika Czerwonego.
1929 – na Prądnik przybywa nowy proboszcz – ks. JÓZEF TOMERA. Za czasów ks. J. Tomery:
- Nawiązano ściślejszą współpracę parafii z prądnicką Szkołą Powszechną i gminą.
- Odremontowano budynek parafialny z przeznaczeniem go dla młodzieży.
- Zreorganizowano Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży.
- Założono parafialną bibliotekę i czytelnię.
- Został powołany oddział Kasy Stefczyka.
- Powstały: Katolicka Liga Parafialna; Krucjata Eucharystyczna; Apostolstwo Modlitwy i Akcja Katolicka.
- Parafia została poszerzona o Węgrzce.
- Ks. Jan Gimiński odprawił pierwsze w dziejach parafii prymicje.
- Powstał pierwszy chór parafialny i orkiestra dęta.
- Na gruncie zakupionym od Dominikanów założono cmentarz parafialny i wybudowano drewnianą kaplicę pw. Św. Józefa.
- Zorganizowano parafialną Kasę Pogrzebową.
- Pomiędzy kościołem i budynkiem gminy wzniesiono drewnianą dzwonnicę.
- Wzniesiono kamienną grotę z figurą MB Różańcowej.
- Przeprowadzono pierwsze Misje Święte.
- 1936 – po krótkiej chorobie, umiera ks. Józef Tomera. Zostaje pochowany na cmentarzu parafialnym.
1936 – trzecim proboszczem parafii Dobrego Pasterza zostaje ks. WŁADYSŁAW MÓL. Za czasów ks. Wł. Móla:
- Parafię poszerzono o odległe: Łysą Górę, Czekaj i Boleń, a potem jeszcze dodatkowo o Warszawskie.
- Odnowiono wnętrze kościoła.
- Na cmentarzu parafialnym stanął grobowiec duchowieństwa.
- Ze względu na dużą odległość od kościoła, zorganizowano filię parafii Dobrego Pasterza na Węgrzcach.
- Zapoczątkowano odprawianie nabożeństw czerwcowych ku czci Najśw. Serca Pana Jezusa.
- W czasie II wojny światowej zostało założone prądnickie koło Polskiego Czerwonego Krzyża, a potem delegatura Rady Głównej Opiekuńczej.
- Kilkakrotne zajmowanie budynków szkoły przez niemieckie wojska wymuszało na parafii udzielenie uczniom na czas lekcji pomieszczeń domu parafialnego.
- Cały Prądnik Czerwony został wcielony do miasta Krakowa.
- Decyzją władz okupacyjnych parafia została pozbawiona dzwonów.
- Na czas wojny zawieszono działalność organizacji kościelnych.
- 1942 – w trakcie śledztwa przeciwko swojemu wikaremu, zostaje też aresztowany ks. Wł. Mól. Zostaje wywieziony do KL. Auschwitz, skąd już nie wraca. Ginie w obozie śmiercią męczeńską kilka miesięcy później.
- 1942 – czwartym proboszczem na Pr. Czerwonym zostaje ks. ANDRZEJ BAJER. Za czasów ks. A. Bajera:
- Parafia przechowała w swoim domu ludowym dużą część „majątku” wysiedlonej przez okupanta szkoły powszechnej.
- W czasie wyzwalania Krakowa w 1945 r. drewniana konstrukcja kościoła została na tyle uszkodzona, że kościół zaczął grozić zawaleniem.
- Tuż po wojnie parafia zwraca się bezskutecznie do władz miasta o pomoc w ratowaniu kościoła, bądź zezwolenie na wybudowanie nowej świątyni.
- Po wojnie został reaktywowany chór parafialny, który potem na przestrzeni wielu lat zaliczał się do najlepszych krakowskich zespołów śpiewaczych („Celesta”).
- Parafia zakupiła nowe dzwony.
- Parafia przejęła opiekę nad dominikańską kaplicą Św. Jana Chrzciciela i wobec zaludniającego się Prądnika podjęła tam działalność duszpasterską.
- Kościół zostaje wyposażony w ołtarz przywieziony z kościoła św. Krzyża oraz nowe witraże w prezbiterium.
- Poszerzono parafię o Sudół Węgrzecki i Dziekanowicki.
- Z powodu „zbyt intensywnych” starań parafii o nowy kościół władze zakazywały kilkakrotnie przemarszu procesji Bożego Ciała ulicami Prądnika.
- Usunięto naukę religii ze szkół.
- Wzmocniono konstrukcję drewnianego kościoła klamrami linowymi, dokonując jednocześnie próby jego samowolnej rozbudowy, za co na parafię nałożono wysoką grzywnę.
- Wierni musieli się zmierzyć z reformą liturgii i wprowadzeniem do niej języka polskiego.
- Parafię nawiedza wędrujący po Polsce obraz MB Częstochowskiej.
- Na Jasnej Górze został wyświęcony na biskupa prądniczanin – ks. Józef Rozwadowski.
- Powstało Duszpasterstwo Akademickie.
- 1971 – po ćwierć wieku starań, udało się uzyskać ostateczną zgodę władz na budowę nowego kościoła Dobrego Pasterza.
- W tym samym roku rozebrano kościół drewniany i postawiono tymczasową kaplicę. Przystąpiono do budowy kościoła ochotniczymi siłami i z pieniędzy samych mieszkańców.
- Kościół był budowany (wg proj. Wojciecha Pietrzyka) jako pomnik pomordowanych w czasie wojny Prądniczan. Stąd pomysł na Kaplicę Męczeństwa z ich nazwiskami.
- V.1972 – poświęcenie i wmurowanie kamienia węgielnego przez kard. Karola Wojtyłę.
- XI.1974 (w roku 50 lecia parafii) – poświęcenie gotowych murów i wprowadzenie nabożeństw do kościoła (kard. Karol Wojtyła).
- 1976 – wyposażenie kościoła w nowe organy.
- 1977 – po krótkiej, ciężkiej chorobie umiera ks. Andrzej Bajer. Zostaje pochowany na cm. parafialnym.
Proboszczowskie miejsce stryja Andrzeja na Prądniku zajmuje przebywający tu od kilku lat do pomocy – JULIAN BAJER. Za czasów ks. J. Bajera:
- Ukończono budowę kościoła w stanie surowym i przystosowano do odprawiania codziennych nabożeństw.
- Rok po pogrzebie sprowadzono do krypty trumnę z ciałem ks. Andrzeja Bajera.
- Wykonano i zamontowano nowe organy piszczałkowe.
- Odremontowano dach na zabytkowej kaplicy Św. Jana Chrzciciela.
- Zagospodarowano kryptę kościoła, tworząc tu Kaplicę Męczeństwa z nazwiskami poległych na wojnach Prądniczan.
- Pierwsze prymicje w nowym kościele odprawił ks. Władysław Palmowski z Górki Narodowej.
- W pierwsze soboty Miesiąca wprowadzono zwyczaj odwiedzania chorych przez księdza z Komunią św.
- Założono Oazę Rodzin.
- Uruchomiono komunalną część cmentarza Batowickiego. Opiekę nad kaplicą miasto powierzyło parafii Dobrego Pasterza.
- W czasie przygotowań do wizyty papieża w Krakowie W czasie przygotowań do wizyty papieża w Krakowie, na Prądniku została powołana pierwsza Rada Parafialna.
- 1979 – w czasie pierwszej pielgrzymki JP II do Polski ks. Julian Bajer jest kierownikiem budowy ołtarza i głównym koordynatorem prac przygotowawczych do Mszy papieskiej na Błoniach krakowskich. Zaraz po wizycie Papieża ks. Bajer zostaje przeniesiony z Prądnika do Jaworzna, do pomocy przy budowie kościoła drugiemu stryjowi Bajerowi.
1979 – na Prądnik Czerwony zostaje skierowany szósty proboszcz parafii Dobrego Pasterza – ks. FLORIAN GRUCA. Za czasów ks. F. Grucy:
- Pokryto całą powierzchnię dachu kościoła blachą, a we wnętrzu ułożono posadzki.
- Ukończono budowę organów, a potem trzykrotnie prowadzono ich kapitalne remonty.
- Zorganizowano peregrynację kopii obrazu MB Częstochowskiej po rodzinach w parafii a po latach przyjęto jej wizerunek w kościele.
- Zostały otynkowane i pomalowane mury kościoła od wewnątrz i zewnątrz.
- Zaszklono wielką ścianę wschodnią kościoła.
- Zabudowano szkłem ściany wieży kościelnej.
- Dokonano uszczupleń terytorialnych parafii: najpierw na rzecz par. św. Andrzeja Boboli w Węgrzcach i par. św. Jana Chrzciciela na drugim końcu ul. Dobrego Pasterza. Potem oderwano jeszcze kawałki do par. Matki Kościoła na Białym Prądniku, par. Chrystusa Króla na os. Gotyk, par. św. Marii Magdaleny w Witkowicach, oraz par. św. Karola Boromeusza na Żabińcu.
- Powstały liczne Róże żeńskie i męskie Różańca Świętego.
- Uzupełniono elementy wykończenia wnętrza kościoła: ołtarz główny oraz dwa boczne, stacje Drogi Krzyżowej, ławki, konfesjonały, chrzcielnica.
- Po uruchomieniu domów studenckich Akademii Rolniczej rozkwitło Duszpasterstwo Akademickie.
- W okresie stanu wojennego parafia stała się jednym z ogniw dystrybucji „pomocy z zachodu”.
- Zaczął formalną działalność Zespół Charytatywny.
- Do wnętrza kościoła wprowadzono ogrzewanie elektryczne, które potem zastąpiono tańszym w eksploatacji gazowym.
- Spłonęła wraz z dzwonami stara dzwonnica stojąca obok kościoła. Zamiast niej wybudowano nową, przy al. 29 Listopada.
- Wzniesiono dom katechetyczny, którego dolne kondygnacje wynajęto początkowo Szkole Podst. nr 95, a na górnych zamieszkali księża.
- Parafia nawiązała współpracę z orkiestrą wojskową, która występowała na większych uroczystościach – kilka razy w roku.
- Uporządkowano i ogrodzono plac kościelny.
- Zakończył działalność starzejący się chór „Celesta”, dając miejsce młodzieżowemu – „Pastores”.
- Przy kościele wzniesiono dwa spiżowe monumenty: patrona parafii – Dobrego Pasterza oraz papieża – Jana Pawła II.
- Zaczęto wydawać parafialną gazetkę „Dobry Pasterz”.
- Założono Straż Honorową Najśw. Serca Pana Jezusa.
- Pod kierunkiem ks. proboszcza przeprowadzono wiele pielgrzymek parafialnych po Polsce i świecie.
- Stara plebania została z zewnątrz odrestaurowana, a w środku gruntownie przebudowana i zmodernizowana.
- 5 krotnie organizowano Misje Święte.
- Prymicje odprawiało tu 10 księży z pochodzących parafii.
- W otwory okienne kościoła zostały wstawione witraże.
- 2000 – kościół został konsekrowany przez kard. Franciszka Macharskiego.
- W krypcie kościoła urządzono wieczystą adorację Najświętszego Sakramentu.
- Odnowiono historyczny obraz Dobrego Pasterza ze starego kościoła i umieszczono go w krypcie
- 2009 – po osiągnięciu wieku emerytalnego ks. Florian Gruca przeszedł na emeryturę, zostając rezydentem prądnickiej parafii (umiera w VIII.2015, zostaje pochowany na cmentarzu parafialnym)
2009 – siódmym proboszczem parafii Dobrego Pasterza zostaje mianowany ks. DIONIZY JEDYNAK. Za czasów ks. D. Jedynaka:
- Przeprowadzono szereg remontów i konserwacji (w tym termomodernizację kościoła i plebaniii remont dachu i wieży kościoła)
- Odnowiono wnętrze Kaplicy Męczeństwa i wyeksponowano w niej grób ks. Andrzeja Bajera
- Wykonano nowe nawiewowe ogrzewanie i klimatyzację kościoła.
- Doposażono salki katechetyczne.
- Zreorganizowano Róże Różańca Świętego.
- Urządzono od nowa bibliotekę parafialną.
- Z pomocą Uniwersytetu Rolniczego został zaprojektowany i wykonany ogród kwiatowy przy kościele.
- Powstały nowe modlitewne grupy parafialne, w tym kilka grup dziecięcych.
- Wprowadzono nowe nabożeństwa (pierwszych sobót, fatimskie, ku czci MB Częstochowskiej, ku czci św. Jana Pawła II).
- Zmodyfikowano system przygotowania młodzieży do bierzmowania – z udziałem dorosłych wolontariuszy.
- W 2015 r. parafianin Andrzej Duda został wybrany prezydentem RP.