Przez kilka wieków Teren Prądnika Czerwonego należał administracyjnie do parafii św. Mikołaja, z siedzibą na Wesołej (dziś. ul. Kopernika w Krakowie).
W początkach XVII w. – ze względu na sporą odległość do kościoła parafialnego – Prądniczanie zaczynają wypełniać praktyki religijne w pierwszej dominikańskiej kaplicy św. Jana Chrzciciela (przy dziś. ul. Dobrego Pasterza).

Parafia Pana Jezusa Dobrego Pasterza na Prądniku Czerwonym w Krakowie

1922 r. – książę bp Adam Stefan Sapieha kieruje na Prądnik, w celu organizowania filii parafii św. Mikołaja – JÓZEFA MAZURKA.

Ten powołuje tu Komitet Budowy Kościoła i nabywa od Dominikanów działkę budowlaną. Za czasów J. Mazurka:

• 1923 – wybudowano pierwszy drewniany kościół (wg projektu inż. Artura Romanowskiego), który został poświęcony w tym samym roku przez ks. abp Adama Stefana Sapiehę.
• 1924 – powstała ekspozytura parafii św. Mikołaja, która stała się zalążkiem parafii Pana Jezusa Dobrego Pasterza.
• Wyprawiono wnętrze kościoła tynkami wapiennymi, wykonano polichromię.
• Sprowadzono ołtarz i ławki z kaplicy na Woli Justowskiej, oraz organy z kościoła sióstr Wizytek.
• Wyposażono kościół w potrzebne paramenty liturgiczne.
• Wybudowano obok kościoła plebanię.
• Umieszczono w ołtarzu głównym wizerunek patrona parafii – Dobrego Pasterza, pędzla parafianina Jana Grabczaka.
• Doprowadzono do kościoła i plebanii prąd elektryczny.
• Założono przy parafii ochronkę dla małych dzieci.
• Erygowano Bractwo Różańca Wiecznego.
• Zorganizowano Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży.
• Na Prądnik Czerwony sprowadziły się pierwsze ss. Albertynki, organizując tu klasztor.
• Jan Sas-Zubrzycki wykonał projekt kolejnego na Prądniku kościoła murowanego, który jednak nie został zrealizowany.
• 1929 – wobec braku poparcia parafian dla budowania kolejnego kościoła – w miejsce dotychczasowego drewnianego – proboszcz ks. J. Mazurek, odchodzi na własną prośbę z Prądnika Czerwonego.

1929 – na Prądnik przybywa nowy proboszcz – ks. JÓZEF TOMERA. Za czasów ks. J. Tomery:

• Nawiązano ściślejszą  współpracę parafii z prądnicką Szkołą Powszechną i gminą.
• Odremontowano budynek parafialny z przeznaczeniem go dla młodzieży.
• Zreorganizowano Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży.
• Założono parafialną bibliotekę i czytelnię.
• Został powołany oddział Kasy Stefczyka.
• Powstały: Katolicka Liga Parafialna; Krucjata Eucharystyczna; Apostolstwo Modlitwy i Akcja Katolicka.
• Parafia została poszerzona o Węgrzce.
• Ks. Jan Gimiński odprawił pierwsze w dziejach parafii prymicje.
• Powstał pierwszy chór parafialny i orkiestra dęta.
• Na gruncie zakupionym od Dominikanów założono cmentarz parafialny i wybudowano drewnianą kaplicę pw. Św. Józefa.
• Zorganizowano parafialną Kasę Pogrzebową.
• Pomiędzy kościołem i budynkiem gminy wzniesiono drewnianą dzwonnicę.
• Wzniesiono kamienną grotę z figurą MB Różańcowej.
• Przeprowadzono pierwsze Misje Święte.
• 1936 – po krótkiej chorobie, umiera ks. Józef Tomera. Zostaje pochowany na cmentarzu parafialnym.

1936 – trzecim proboszczem parafii Dobrego Pasterza zostaje ks. WŁADYSŁAW MÓL. Za czasów ks. Wł. Móla:

• Parafię poszerzono o odległe: Łysą Górę, Czekaj i Boleń, a potem jeszcze dodatkowo o Warszawskie.
• Odnowiono wnętrze kościoła.
• Na cmentarzu parafialnym stanął grobowiec duchowieństwa.
• Ze względu na dużą odległość od kościoła, zorganizowano filię parafii Dobrego Pasterza na Węgrzcach.
• Zapoczątkowano odprawianie nabożeństw czerwcowych ku czci Najśw. Serca Pana Jezusa.
• W czasie II wojny światowej zostało założone  prądnickie koło Polskiego Czerwonego Krzyża, a potem delegatura Rady Głównej Opiekuńczej.
• Kilkakrotne zajmowanie budynków szkoły przez niemieckie wojska wymuszało na parafii udzielenie uczniom na czas lekcji pomieszczeń domu parafialnego.
• Cały Prądnik Czerwony został wcielony do miasta Krakowa.
• Decyzją władz okupacyjnych parafia została pozbawiona dzwonów.
• Na czas wojny zawieszono działalność organizacji kościelnych.
• 1942 – w trakcie śledztwa przeciwko swojemu wikaremu, zostaje też aresztowany ks. Wł. Mól. Zostaje wywieziony do KL. Auschwitz, skąd już nie wraca. Ginie w obozie śmiercią męczeńską kilka miesięcy później.

• 1942 – czwartym proboszczem na Pr. Czerwonym zostaje ks. ANDRZEJ BAJER. Za czasów ks. A. Bajera:

• Parafia przechowała w swoim domu ludowym dużą część „majątku” wysiedlonej przez okupanta szkoły powszechnej.
• W czasie wyzwalania Krakowa w 1945 r. drewniana konstrukcja kościoła została na tyle uszkodzona, że kościół zaczął grozić zawaleniem.
• Tuż po wojnie parafia zwraca się bezskutecznie do władz miasta o pomoc w ratowaniu kościoła, bądź zezwolenie na wybudowanie nowej świątyni.
• Po wojnie został reaktywowany chór parafialny, który potem na przestrzeni wielu lat zaliczał się do najlepszych krakowskich zespołów śpiewaczych („Celesta”).
• Parafia zakupiła nowe dzwony.
• Parafia przejęła opiekę nad dominikańską kaplicą Św. Jana Chrzciciela i wobec zaludniającego się Prądnika podjęła tam działalność duszpasterską.
• Kościół zostaje wyposażony w ołtarz przywieziony z kościoła św. Krzyża oraz nowe witraże w prezbiterium.
• Poszerzono parafię o Sudół Węgrzecki i Dziekanowicki.
• Z powodu „zbyt intensywnych” starań parafii o nowy kościół władze zakazywały kilkakrotnie przemarszu procesji Bożego Ciała ulicami Prądnika.
• Usunięto naukę religii ze szkół.
• Wzmocniono konstrukcję drewnianego kościoła klamrami linowymi, dokonując jednocześnie próby jego samowolnej rozbudowy, za co na parafię nałożono wysoką grzywnę.
• Wierni musieli się zmierzyć z reformą liturgii i wprowadzeniem do niej języka polskiego.
• Parafię nawiedza wędrujący po Polsce obraz MB Częstochowskiej.
• Na Jasnej Górze został wyświęcony na biskupa prądniczanin – ks. Józef Rozwadowski.
• Powstało Duszpasterstwo Akademickie.
• 1971 – po ćwierć wieku starań, udało się uzyskać ostateczną zgodę władz na budowę nowego kościoła Dobrego Pasterza.
• W tym samym roku rozebrano kościół drewniany i postawiono tymczasową kaplicę. Przystąpiono do budowy kościoła ochotniczymi siłami i z pieniędzy samych mieszkańców.
• Kościół był budowany (wg proj. Wojciecha Pietrzyka) jako pomnik pomordowanych w czasie wojny Prądniczan. Stąd pomysł na Kaplicę Męczeństwa z ich nazwiskami.
• V.1972 – poświęcenie i wmurowanie kamienia węgielnego przez kard. Karola Wojtyłę.
• XI.1974 (w roku 50 lecia parafii) – poświęcenie gotowych murów i wprowadzenie nabożeństw do kościoła (kard. Karol Wojtyła).
• 1976 – wyposażenie kościoła w nowe organy.
•  1977 – po krótkiej, ciężkiej chorobie umiera ks. Andrzej Bajer. Zostaje pochowany na cm. parafialnym.

Proboszczowskie miejsce stryja Andrzeja na Prądniku zajmuje przebywający tu od kilku lat do pomocy – JULIAN BAJER. Za czasów ks. J. Bajera:

• Ukończono budowę kościoła w stanie surowym i przystosowano do odprawiania codziennych nabożeństw.
• Rok po pogrzebie sprowadzono do krypty trumnę z ciałem ks. Andrzeja Bajera.
• Wykonano i zamontowano nowe organy piszczałkowe.
• Odremontowano dach na zabytkowej kaplicy Św. Jana Chrzciciela.
• Zagospodarowano kryptę kościoła, tworząc tu Kaplicę Męczeństwa z nazwiskami poległych na wojnach Prądniczan.
• Pierwsze prymicje w nowym kościele odprawił ks. Władysław Palmowski z Górki Narodowej.
• W pierwsze soboty Miesiąca wprowadzono zwyczaj odwiedzania chorych przez księdza z Komunią św.
• Założono Oazę Rodzin.
• Uruchomiono komunalną część cmentarza Batowickiego. Opiekę nad kaplicą miasto powierzyło parafii Dobrego Pasterza.
• W czasie przygotowań do wizyty papieża w Krakowie W czasie przygotowań do wizyty papieża w Krakowie, na Prądniku została powołana pierwsza Rada Parafialna.
• 1979 – w czasie pierwszej pielgrzymki JP II do Polski ks. Julian Bajer jest kierownikiem budowy ołtarza i głównym koordynatorem prac przygotowawczych do Mszy papieskiej na Błoniach krakowskich. Zaraz po wizycie Papieża ks. Bajer zostaje przeniesiony z Prądnika do Jaworzna, do pomocy przy budowie kościoła drugiemu stryjowi Bajerowi.

1979 – na Prądnik Czerwony zostaje skierowany szósty proboszcz parafii Dobrego Pasterza – ks. FLORIAN GRUCA. Za czasów ks. F. Grucy:

• Pokryto całą powierzchnię dachu kościoła blachą, a we wnętrzu ułożono posadzki.
• Ukończono budowę organów, a potem trzykrotnie prowadzono ich kapitalne remonty.
• Zorganizowano peregrynację kopii obrazu MB Częstochowskiej po rodzinach w parafii a po latach przyjęto jej wizerunek w kościele.
• Zostały otynkowane i pomalowane mury kościoła od wewnątrz i zewnątrz.
• Zaszklono wielką ścianę wschodnią kościoła.
• Zabudowano szkłem ściany wieży kościelnej.
• Dokonano uszczupleń terytorialnych parafii: najpierw na rzecz par. św. Andrzeja Boboli w Węgrzcach i par. św. Jana Chrzciciela na drugim końcu ul. Dobrego Pasterza. Potem oderwano jeszcze kawałki do par. Matki Kościoła na Białym Prądniku, par. Chrystusa Króla na os. Gotyk, par. św. Marii Magdaleny w Witkowicach, oraz par. św. Karola Boromeusza na Żabińcu.
• Powstały liczne Róże żeńskie i męskie Różańca Świętego.
• Uzupełniono elementy wykończenia wnętrza kościoła: ołtarz główny oraz dwa boczne, stacje Drogi Krzyżowej, ławki, konfesjonały, chrzcielnica.
• Po uruchomieniu domów studenckich Akademii Rolniczej rozkwitło Duszpasterstwo Akademickie.
• W okresie stanu wojennego parafia stała się jednym z ogniw dystrybucji „pomocy z zachodu”.
• Zaczął formalną działalność Zespół Charytatywny.
• Do wnętrza kościoła wprowadzono ogrzewanie elektryczne, które potem zastąpiono tańszym w eksploatacji gazowym.
• Spłonęła wraz z dzwonami stara dzwonnica stojąca obok kościoła. Zamiast niej wybudowano nową, przy al. 29 Listopada.
• Wzniesiono dom katechetyczny, którego dolne kondygnacje wynajęto początkowo Szkole Podst. nr 95, a na górnych zamieszkali księża.
• Parafia nawiązała współpracę z orkiestrą wojskową, która występowała na większych uroczystościach – kilka razy w roku.
• Uporządkowano i ogrodzono plac kościelny.
• Zakończył działalność starzejący się chór „Celesta”, dając miejsce młodzieżowemu – „Pastores”.
• Przy kościele wzniesiono dwa spiżowe monumenty: patrona parafii – Dobrego Pasterza oraz papieża – Jana Pawła II.
• Zaczęto wydawać parafialną gazetkę „Dobry Pasterz”.
• Założono Straż Honorową Najśw. Serca Pana Jezusa.
• Pod kierunkiem ks. proboszcza przeprowadzono wiele pielgrzymek parafialnych po Polsce i świecie.
• Stara plebania została z zewnątrz odrestaurowana, a w środku gruntownie przebudowana i zmodernizowana.
• 5 krotnie organizowano Misje Święte.
• Prymicje odprawiało tu 10 księży z pochodzących parafii.
• W otwory okienne kościoła zostały wstawione witraże.
• 2000 – kościół został konsekrowany przez kard. Franciszka Macharskiego.
• W krypcie kościoła urządzono wieczystą adorację Najświętszego Sakramentu.
• Odnowiono historyczny obraz Dobrego Pasterza ze starego kościoła i umieszczono go w krypcie
• 2009 – po osiągnięciu wieku emerytalnego ks. Florian Gruca przeszedł na emeryturę, zostając rezydentem prądnickiej parafii (umiera w VIII.2015, zostaje pochowany na cmentarzu parafialnym)

2009 – siódmym proboszczem parafii Dobrego Pasterza zostaje mianowany ks. DIONIZY JEDYNAK. Za czasów ks. D. Jedynaka:

• Przeprowadzono szereg remontów i konserwacji (w tym termomodernizację kościoła i plebaniii remont dachu i wieży kościoła)
• Odnowiono wnętrze Kaplicy Męczeństwa i wyeksponowano w niej grób ks. Andrzeja Bajera
• Wykonano nowe nawiewowe ogrzewanie i klimatyzację kościoła.
• Doposażono salki katechetyczne.
• Zreorganizowano Róże Różańca Świętego.
• Urządzono od nowa bibliotekę parafialną.
• Z pomocą Uniwersytetu Rolniczego został zaprojektowany i wykonany ogród kwiatowy przy kościele.
• Powstały nowe modlitewne grupy parafialne, w tym kilka grup dziecięcych.
• Wprowadzono nowe nabożeństwa (pierwszych sobót, fatimskie, ku czci MB Częstochowskiej, ku czci św. Jana Pawła II).
• Zmodyfikowano system przygotowania młodzieży do bierzmowania – z udziałem dorosłych wolontariuszy.
• W 2015 r. parafianin Andrzej Duda został wybrany prezydentem RP.